La 30 noiembrie 1998, a fost instalat antrenor principal la Internazionale Milano, fiind însă demis după câteva luni (martie 1999). A revenit la Rapid, reuşind să câştige campionatul, ediţia 1998-1999.

Din vara anului 2000 până în 2002, Mircea Lucescu a fost antrenorul echipa Galatasaray Istanbul, cu care a câştigat Supercupa Europei (2000) şi campionatul Turciei (2002). În vara anului 2002, a trecut la Beşiktaş, reuşind, în primul an, câştigarea campionatului.

La 16 mai 2004, Lucescu a preluat echipa ucraineană Şahtior Doneţk. Sub conducerea lui Lucescu, Şahtior a cucerit opt titluri de campioană naţională (2005, 2006, 2008, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014), cinci Cupe ale Ucrainei (2004, 2008, 2011, 2012, 2013) şi şapte Supercupe (2005, 2008, 2010, 2012, 2013, 2014, 2015), dar mai ales Cupa UEFA, câştigată în 2009, după finala cu Werder Bremen (2-1).

După plecarea de la Şahtior, Lucescu a antrenat pe Zenit Sankt Petersburg timp de un sezon, iar apoi a fost timp de aproape doi ani selecţioner al Turciei.

Lucescu a pregătit Dinamo Kiev din iulie 2020 până în noiembrie 2023. El a câştigat cu Dinamo Kiev Supercupa Ucrainei în 2020, campionatul şi Cupa Ucrainei în 2021.

La 22 mai 2009, Mircea Lucescu a primit, din partea preşedintelui României, Ordinul Naţional ”Crucea României” în grad de Cavaler, ”în semn de înaltă apreciere a întregii activităţi fotbalistice şi a performanţelor obţinute ca antrenor.