Clubul a revenit însă în 1991, iar în ultimii 15 ani a devenit un nume important din fotbalul nord-macedonean. În 2011 a câştigat primul titlu, după care a mai adăugat alte patru în vitrină. Shkendija are de asemenea şi două cupe şi o supercupă în palmares.

Pe plan european, echipa din balcani nu a ajuns vreodată în grupele unei competiţii europene, deşi a fost de trei ori la rând, între 2017 şi 2019, în play-off-ul Europa League. Anul trecut, Shkendija a fost eliminată încă din primul tur Conference League de armenii de la Noah.

În stagiunea 2020/21, formaţia din Macedonia de Nord a jucat împotriva unei alte echipe româneşti, şi anume FC Botoşani, în turul 2 preliminar Europa League. Atunci, echipa din România a pierdut cu 0-1, meci disputat într-o singură manşă din cauza pandemiei.

Clubul este cunoscut de asemenea şi pentru principalul lui grup de suporteri intitulat Ballistet, care reprezintă albanezi din regiune.

Echipa e cotată la 5,28 milioane de euro pe transfermarkt, iar cel mai scump jucător este fundaşul Klisman Cake, cotat la 600.000 de euro.

Primele meciuri din turul 2 preliminar vor avea loc pe 22/23 iulie, urmând ca meciurile retur să se dispute pe 29/30 iulie.